Veamos haces una permuta y te incorporas al nuevo destino, una vez en el nuevo destino pides excedencia, ¿es así?.
Si es como digo no tienes que incorporarte al antigüo destino, ni queda sin efecto la permuta ya que la excedencia es una situacion administrativa que tiene derecho solicitar el funcionario.
Una vez concedida la permuta formas parte del ayuntamiento de destino y por ende tienes un deberes y derechos al igual que en el otro ayuntamiento. Aunque depende de cada Comunidad si viene legislado algo al respecto en la ley de cordinacion de policias locales o reglamentos internos.